就在小智一行人在路卡利欧的带领下，不断向着世界初始之树最上方前进的时候，一股巨大的危机在无人知晓的情况下也在悄悄靠近着。
作为世界初始之树的守护者雷吉洛克在被甩开之后，就果断的唤醒了自己的同伴，一边追捕小智等人的行踪一边发出了信号，呼唤另外两个传说中的巨人宝可梦。
用不了多久小智和路卡利欧就要面对更为强大的对手了，三个传说中的巨人宝可梦，不是谁都能抗住祂们的追捕的。
“这座岩山是活的。”
“真是大自然的奇迹，这样的矿物生命体居然存在，世界初始之树是以光为能源不知存活了多么悠久的岁月！”
“这可真是惊人的发现啊！”
就在小智忙着寻找皮卡丘的时候，琪朵也开始不断搜寻着自己的目标，她和自己的管家远程通话之后借助高科技仪器，很快分析出了世界初始之树是活着的生命体。
但是这一切都不是琪朵最想要知道的事情，她这一次追寻梦幻最主要的目标，还是探寻清楚梦幻和世界初始之树之间的联系。
雷吉洛克和雷吉艾斯以及雷吉斯奇鲁很快追上来了，借助路卡利欧的波导众人率先发现了祂们的踪迹，在这么狭隘的洞穴中若是被追上谁也活不了。
听到这个消息众人立马开始疯狂逃命，根本没有一点和三圣柱硬碰硬的想法，这种玩笑谁也不敢开出口。
毕竟那可是三个传说中的巨人宝可梦，别说是小智这几个人和路卡利欧了，就算是地区冠军来了也得落荒而逃。
好在靠着路卡利欧的波导指引，众人在如同迷宫般的洞穴内不断穿梭着，很快就甩开了三圣柱的追捕。
“呼！”
好不容易才将三圣柱甩开的小智等人刚想松一口气，就在一处拐角遇到了武藏和小次郎这两个老对手，看到了一件让人很是窒息的事情的发生。
为了找回无故消失的喵喵也为了抓到皮卡丘，武藏和小次郎偷偷的藏在了汽车的后备箱，跟着小智一行人一同进入到了世界初始之树。
“武藏等等我啊！”
“真是没用，你再不跑起来我就把你丢在这里了！”
现在武藏和小次郎的处境相当的不妙，这个时候的两人已经奔跑了有会了，小次郎感到了筋疲力尽，赶紧叫住武藏想要她拉自己一把。
人类和人类之间的差距是很大的，虽然小次郎的身体素质也算是人类中的佼佼者，但是还是没法和武藏以及希巴这类超人类相比。
虽然对于武藏没有回来拉起小次郎，但是到底停下了自己的脚步，对于她的毒舌小次郎本来想说些什么辩解，但是突然突然看到了让他心底发毛的一幕。
深红色的仿佛由岩浆组成的摇篮百合突然出现在武藏的身后，移动速度极快完全不给人反应时间，瞬间就靠近了她的身体。
“武藏，武藏你快看你的身后，快逃啊！”
咽下了原本想说的话小次郎立马发出了提醒，着急的叫着武藏快跑，他可不想看着这个志同道合的伙伴被怪物吞噬。
“哎呦！又不是小孩子了，我才不会上你的当呢！”
现在可是在逃命不是在玩闹，武藏对于小次郎的话真的无语了，都什么时候了还在这里开玩笑。
“啊！这是什么东西？”
话音刚落的武藏就发现小次郎这次并没有开玩笑，一道神秘的流状物把她瞬间包裹住，根本没有给武藏一点挣脱的机会。
“沙漠奈亚，出来吧！使用飞弹针！”
武藏在自己面前受到袭击小次郎自然不会不管，赶紧拿出精灵球喊出了沙漠奈亚，希望靠祂的力量把武藏从那个神秘的生物手中救出来。
也许是因为事态紧急小次郎没有了玩闹的心情，对于沙漠奈亚的抱脸求抱抱的行为瞬间就躲过去了，沙漠奈亚也不再继续纠缠顺着他的指令发起了攻击。
但是让小次郎和沙漠奈亚都目瞪口呆的一幕出现了，飞弹针穿透了神秘生物的身体，根本没有对祂造成任何的伤害，包括被祂包裹的武藏也没有一点声音发出来。
“这到底是什么啊？”
这个时候小智等人正好出现，看到武藏被神秘生物吞噬的瞬间小瑶发出了惊呼，如此骇人的一幕带给了她不小的惊吓。
“实在是好讨厌的感觉啊！”
仿佛是知道了自己的命运，武藏停止了自己的挣扎，任由神秘的流体将她吞噬了。
“武藏！”
看到武藏消失在所有人的面前被“吃掉”了，小次郎不禁发出了绝望的呼喊，现在喵喵没找到不说武藏也消失在自己面前，天知道他这个时候有多么绝望。
吞下武藏之后更多的神秘生物开始出现，这次变成了岩浆形态的多刺菊石兽的样子，完全没有给小次郎反应和逃走的机会，瞬间就把他包裹起来。
“风铃铃，你和沙漠奈亚快逃吧！”
在最后的危机时刻小次郎做了一件让小智几人感动的事情，虽然对于三人组的所作所为小智了解很深，但是看到这一幕还是很受震撼。
眼看自己就要被神秘生物吞噬殆尽，小次郎使出了所有的力气，拿出来风铃铃的精灵球将祂放了出来。
对于小次郎来说做火箭队只是自己无处可去的爱好，他对于宝可梦的爱心才是内心最为在意的，所以在这个危机的时刻他关心的不是自己而是自己的宝可梦们的安全。
“啊！又来了！”
小智几人都快看傻了，眼前的一切发生的太快了完全没有反应的时间，但是还没等几人探究详细的情况，身后就出现了剧烈的震动声。
感受到这样的震动想都不用想就知道发生什么事情了，肯定是三圣柱追上来了，现在来不及再去想眼前的事情了，逃命才是这个时候最重要的。
在小刚的一声呼喊下众人再次开启了新一轮的逃命之路，而路卡利欧也试图用波导弹阻止三圣柱的前进脚步，但是这一切很显然只是徒劳。
传说中的巨人宝可梦的强悍远超路卡利欧的想象，生吃下祂的好几发波导弹依然纹丝不动，众人最大的危机来临了！